色々と不明な点がありましたが、無事に@nifty光へ乗り換え手続きが完了しました。以下、覚え書きです。これから手続きをされる方の参考になれば幸いです(※NTT東日本でのお話になります)。

[事前準備※必要な人のみ]回線速度の確認及び変更(2/28)
 @nifty光へ乗り換えると回線速度の変更がとても面倒なので、100Mbps〜200Mbpsから1Gbpsへ速度アップを行いたい場合、まずはNTTへ連絡をして回線の変更を行います。私は、フレッツ光ネクストのハイスピードタイプ(200Mbps)からギガラインタイプ(1Gbps)へ変更をしました。切替工事費用は2,000円(税別)で、自宅にあるNTTの機器(PR-S300NE)はそのままです。申込み後、3月4日に変更が完了しました。
 NTTフレッツ光での利用だと、ハイスピードタイプからギガラインタイプへの変更で毎月200円ほど高くなりますが、@nifty光の場合は、ハイスピードタイプでもギガラインタイプでも月額料金は同じなので、切替えた方が費用対効果があると判断しました。
(※ギガスマートタイプは機器レンタル費用が発生)
 ちなみに、@nifty光へ乗り換えてから回線速度を変更したい場合ですが、一旦、自宅に引きこんである回線を撤去して、あらためて光ファイバー引き込み工事を行う事になるそうです。バカバカしい話だけど、そのようです。

[1]転用承諾番号の取得(3/7)
 回線速度の変更手続きが完了したら、今度はいよいよNTTへ連絡して転用承諾番号をもらうことになります。このページにも掲載されていますが、NTT東日本のサイトまたは電話で手続きが可能です。
 私は電話での手続きを行いました。電話での手続きでは、回線名義人(契約者)が行うか、回線名義人(契約者)本人確認を行う必要があります。我が家の場合には、NTTの回線名義人は私ではなくて妻名義だったため、電話がつながった後、手続きを開始する最初にNTTと妻で本人の確認を行い、その後の手続きを私に一任する形で手続きを進めました。
 NTT側から転用に関する様々な諸注意を聞いた後、最後に転用承諾番号を教えられ、第一段階の手続きは完了です。

[2]@nifty光の申し込み(3/7)
 @niftyカスタマーサービスデスク( 0120-32-2210 or (携帯電話等→ 03-5860-7600 ))に電話します。こちらも契約者本人確認が必要です。我が家は、NTTと同じく、@niftyも妻名義なので、またまた妻の本人確認を行い、私に一任する事を確認して私が手続きを進めます。
 [1]のNTTと同じように、今度は@nifty側から転用に関する諸注意を聞いて、[1]で取得した転用番号を@nifty側へ伝えます。それと同時に、コンサルティング連絡希望日時を選択することができ、私は平日は仕事なので土日でお願いしました。これで申し込みは完了です。申込み後、@niftyから確認のメールが届きます。

[3]コンサルティング(3/8)
 [2]の翌日に、早速コンサルティングの電話がありました。電話の内容は、申込内容の最終確認(取消なら、ここがラストチャンス)と、乗り換え日時の調整です。我が家の場合には、最短で3月13日とありましたので、その日でお願いしました。乗換日を確認した時点で申込完了なので、取消はできません。後は、@niftyからの書類到着を待ち、乗換手続きが完了です。
【追記:2015/04/10】
[4]IPv6接続オプション 解除完了通知メール受信(4/2)
 @niftyで利用していたIPv6接続オプションを解除したとのメールが届きました。@nifty光への転用手続き上、一旦解除されてしまうようだ。また、それと同時に、契約コースが「無制限コース」となったが、自宅でのネット環境は、IPv6が使えなくなっただけで、他は特に変化が無い。
 ちなみに、再度IPv6接続オプションを利用したい場合には、契約コースが「無制限コース」から、申し込み中の「@nifty光」へ確定するまで不可能との事。また、解除完了通知メール本文に、NTTに連絡して「フレッツ・v6オプション」の解除手続きが必要とあるが、再度IPv6オプションを利用する予定なら解除する必要は無い。
 この文章を追加で記述している2015/04/10時点では、まだ契約コースは「無制限コース」であるので、コースが確定したら、その日付を掲載する事とします。

【追記:2015/04/23】
[5]契約コース確定(4/23)
 ご契約コースが「@nifty光 ホームタイプ」に確定しました。これでIPv6接続オプション申し込む事ができます。申込手続き後、約30分ほどで「【@nifty】IPv6接続オプション ご利用開始通知」のメールが届き、利用可能となりました。